Hubeljske jame je izdolbla reka Hubelj. Hubelj izvira visoko nad dnom doline med 220 in 235 m nad morjem, na pobočju Gore pod Otlico in nad Ajdovščino. Voda priteka iz številnih manjših razpok. Sledi strm, okrog 1 km dolg spust do Ajdovščine. Nato pa se strmec zmanjša in reka se čez 4 km pri Dolenjah izlije v Vipavo.

Temperatura vode niha med 7 in 8° C. Najnižja izmerjena temperatura je okrog 6 najvišja pa okrog 9° C. Najnižji pretok je med 25 in 300 l/s najvišji pa 50 m³/s. Voda tudi po deževju ni kalna.